在不远的未来海平面原因不明地急速上升导致了地表多数都沉入海中　　小时候因为事故而失去一条腿的少年・斑鸠夏生厌倦了都市的生活移居到了海边的乡村小镇曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的就只有船潜水艇还有债务　　夏生为了取回失去的未来与迷之讨债人凯瑟琳一起潜海前往据说保存着祖母遗产的海底仓库　　在那里他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女亚托莉她是一位构造精密到与人类别无二致而又丰富感情的机器人　　从海底被打捞起来的亚托莉如是说到　　我想完成主人留给我的最后的命令在此之前我会成为夏生先生的腿　　在一个逐渐沉入海中的平和小镇少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了