西元1999年一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實而組成了統合政府並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦命名為「馬克羅斯」MACROSS德文「大宇宙」之意其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著直到10年後在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦事已至如此頓時成了趕鴨子上架不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰並讓馬克羅斯升空啟航以轉移敵方注意青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥並救起了一位名叫林明美的少女且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕而圍繞在輝明美與未沙之間的感情糾葛卻也開始介入了戰事的發展之中甚而成為主導後來歷史走向的契機…